下设:

    4个管理处室:办公室;财务处;人事劳资处（含退休职工办公室）和资产经营管理处.
    4个行政委托管理处室：机关事务处;交通部人民防空办公室;交通部绿化委员会办公室和交通部在京单位基建办公室.
    4个内部核算单位:生活服务部;交通部机关汽车队;幼儿园和国交北京物业管理有限责任公司.
    1个经营单位:北京国交商贸公司
    共13个部门(不包括中交网科技有限责任公司、通盛船务代理有限公司、深圳联合国际船舶代理有限公司等16个对外投资的控、参股公司）