2006年11月21日，长江水运发展协调领导小组第一次会议在江苏省南京市召开。党中央、国务院高度重视长江黄金水道的建设。中共中央政治局常委、国务院副总理黄菊专门致信此次会议。中共中央政治局委员、国务院副总理曾培炎也提出了明确要求。长江沿线上海、江苏、安徽、江西、湖北、湖南、重庆、四川、云南七省二市主管交通工作的副省（市）长和交通部领导参加了会议，会议邀请国务院办公厅、全国政协人口资源环境委员会、国家发展改革委、财政部、国土资源部、水利部、国务院三峡办有关领导参加了会议，沿江省市政府有关部门、交通部有关部门及单位的同志列席了会议。江苏省委书记李源潮看望了与会代表，江苏省省长梁保华致辞；交通部部长李盛霖宣读了中共中央政治局常委、国务院副总理黄菊的来信。交通部副部长徐祖远和江苏省副省长仇和分别主持了会议。李盛霖同志作了题为“加快推进长江黄金水道建设，促进沿江经济又快又好发展”的发言，领导小组其他成员分别作了发言，全国政协人口资源环境委员会、国家发展改革委、国土资源部、水利部、国务院三峡办等有关部门也作了发言。会上交通部和（与）沿江七省二市共同签署了《“十一五”期长江黄金水道建设总体推进方案》，举行了新闻发布会。
　　会议围绕贯彻党的十六届六中全会精神、落实科学发展观和构建社会主义和谐社会的要求，认真落实党中央、国务院领导同志的一系列重要指示，回顾总结了2005年11月28日“合力建设黄金水道，促进沿江经济发展”座谈会一年来的工作，研究了加快黄金水道建设、促进沿江经济全面协调可持续发展的若干重要问题，提出了主要政策措施，明确了重点工作。会议加强了交流，达成了共识，为加快“十一五”黄金水道建设，更好地促进沿江经济又快又好发展将起到重要作用。现纪要如下：
　　会议认为，2005年11月28日召开的“合力建设黄金水道，促进长江经济发展”座谈会，对坚持以科学发展观统领长江水运发展，全面提升长江水运服务沿江经济社会发展的能力和质量，加快沿江综合运输大通道建设，进一步推动长江流域经济增长方式的转变，促进沿江区域经济社会全面协调可持续发展具有十分重要的意义。
　　一年来，长江黄金水道建设进一步得到了国家和沿江政府及社会高度重视与关注，发展长江水运已纳入《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》，国家有关部门和沿江省市切实把长江黄金水道作为我国现代化建设总体战略布局的重要组成部分，增加投入，加快建设，取得了明显成效。
　　会议指出，大力发展长江水运符合全面建设小康社会和构建和谐社会的总体要求，有利于节约资源、减少能耗、保护环境，有利于加快推进西部开发、中部崛起、东部率先实现现代化战略的实施，有利于沿江经济社会的全面协调可持续发展。长江水运已经进入了新一轮的发展机遇期。要进一步创新发展理念，落实科学发展观，把加快建设黄金水道作为构建和谐社会、建设资源节约型、环境友好型社会的具体措施落实好。
　　会议明确，将《“十一五”期长江黄金水道建设总体推进方案》作为“十一五”期长江水运建设的指导性文件。围绕航道治理、港口建设、船型标准化、三峡过坝运输扩能、水运保障、干支联动“六大工程”，在国家有关部委的支持下，交通部将重点加强长江干线航道的建设，支持重要支流航道的建设，适当支持中西部地区公共码头建设；沿江省市将积极筹措资金，加大投入，加快港口、支流航道建设。
　　会议提出,要统筹规划，突出长江水运建设重点，加大政策和资金支持力度；充分利用长江黄金水道的优势，完善沿江产业布局；加快水运结构调整和转变增长方式，不断提高长江水运生产力水平；切实发挥好长江水运发展协调机制的作用，加强研究与协调长江水运发展中的重大问题，进一步加强部门、省市之间的合作，互相支持，形成合力，加快推进黄金水道建设。协调领导小组会议原则上每两年召开一次。
　　会议强调，加快长江黄金水道建设，充分发挥长江黄金水道作用，促进沿江经济发展是协调领导小组各成员单位的共同责任。要增强历史使命感和责任感，在以胡锦涛同志为总书记的党中央领导下，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻落实党的十六届六中全会精神，抓住机遇，凝聚共识，为构建社会主义和谐社会，实现长江水运与沿江经济又快又好的发展作出更大贡献。
　　出席会议的代表有协调领导小组组长、交通部部长李盛霖，副组长、交通部副部长徐祖远，协调领导小组成员上海市副市长杨雄、江苏省副省长仇和、安徽省副省长黄海嵩、江西省副省长凌成兴、湖北省副省长任世茂、湖南省副省长许云昭、重庆市副市长余远牧、四川省副省长王怀臣、云南省副省长李新华。国务院办公厅秘书二局副局长高雨，全国政协委员、人口资源环境委员会委员张德楠，国家发展改革委副主任张茅、交运司司长王庆云，财政部经建司副巡视员任瑛，国土资源部规划司巡视员殷卫平，水利部副总工程师庞进武，国务院三峡办副主任高金榜、水库管理司司长柳地应邀参加了会议。