港口航道泥沙工程实验室1999年被交通部认定为港口航道泥沙工程重点实验室。
　　实验室现有大型试验厅22座，总面积达70,000m2, 拥有风浪潮流长水槽、波浪水槽、变坡水槽、不恒定流水槽、波浪港池、不规则造波机、潮汐发生器以及测波、测流、测沙等众多的仪器设备。形成了国内试验厅规模最大、仪器设备最全的实验室。
　　实验室除从事泥沙基础理论研究外，还承担了许多重大工程泥沙问题的研究工作，从50年代起，在严恺院士带领下对天津新港回淤问题和长江口航道治理问题展开了大规模的研究；60年代对钱塘江口和瓯江口治理进行研究；70年代以后对长江葛洲坝工程泥沙问题、三峡工程坝区和回水变动区航道泥沙问题、长江口深水航道治理工程、汉江、湘江航道整治工程、珠江崖门口航道治理工程、黄骅港、北仑港、汕头港等港口航道泥沙问题以及毛里塔尼亚友谊港泥沙问题等进行了研究。研究成果已被采用，取得了巨大的经济效益和社会效益。1984年国家正式建立三大奖励制度以来，先后获得国家科技进步特等奖1项、一等奖1项、国家自然科学二等奖1项，部省级科技进步一等奖13项、二等奖12项、三等奖19项。是首批水力学及河流动力学和海岸工程学两个学科的博士、硕士学位授予单位。
　　实验室现有科研人员42人，其中教授级高级工程师21人，高级工程师17人，具有一支以著名河口专家陈志昌教授等为带头人的学术梯队。主要从事水流泥沙运动基本理论、内河通航技术及河流动力学、河口海岸建港和航道治理技术、通航枢纽及上下游航道整治技术、水流泥沙量测技术等方向的研究工作。
　　实验室为海洋工程学会、江苏省水利学会港口航道专业委员会、江苏省海洋湖沼学会工程技术委员会的挂靠单位，负责编辑《海洋工程》和《China Ocean Engineering》两本学术期刊。
　　一、围绕交通需求，为行业科技进步服务
　　实验室以研究解决港口航道工程中的泥沙问题为主，兼顾基本理论研究，形成了以水流泥沙运动基本理论、内河通航技术及河流动力学、河口海岸建港和航道治理技术、通航枢纽上下游航道整治技术和泥沙试验量测技术为主要研究方向和专业特色的实验室。
　　从2000年7月至2005年6月，实验室共承担科研项目227项，其中国家级科研项目6项，省部级科研项目40项，横向科研项目108项，国际合作科研项目7项，国家和省部级重大工程项目62项,其它4项。科研经费共计11579.1万元，其中国家级科研项目经费98万元、省部级科研项目经费2339万元、横向项目经费4499万元、国家、省部级重大工程科研项目经费4067万元、国际合作项目经费490万元、其它项目经费85万元。平均人年均55.14万元。
　　二、加强基础建设，提高科学研究实力
　　实验室十分重视条件建设和设备更新工作，建有波浪水流试验厅、波浪港池试验厅、泥沙运动基本规律研究试验厅2座、河流泥沙试验厅2座、河口工程试验厅2座、海岸工程试验厅4座、枢纽泥沙工程试验厅，为三峡通航问题研究建设的三峡变动回水区泥沙试验厅和三峡坝区泥沙试验厅，为其它港口航道研究建设的试验厅5座，在江苏常熟和浙江宁波试验基地还有2个试验厅，共计22座,总建筑面积69625m2，并配有相应的仪器设备。
　　实验室固定资产总值5600万元，固定资金总值5600万元，设备总数61台套，设备总值1275万元，。6500m2的长江下游“三沙”航道治理试验厅正在建设之中。
　　实验室拥有水槽不规则造波系统（丹麦）和港池不规则造波系统（美国）、SG1-OCTANE2工作站（美国）、三维ADV测速仪（挪威）、二维电磁流速仪（日本）、遥感图像处理系统（美国）等10万元以上从国外引进的仪器设备和软件，还有自行研制的风浪流长水槽、边坡水槽、流速仪率定水槽和港池不规则造波系统等，共计20台套。
　　还有大型河口潮汐发生系统、浑水动床试验与监测系统、水槽自动控制与数据采集系统、低水头大流量可逆泵、多功能智能流速仪、智能测沙颗分仪和流速流向仪等自行研制的仪器设备，均为国内首先研制、具有先进水平的试验控制设备和测量仪器。
　　实验室配有用于泥沙基本理论研究、模型试验和数值模拟的常规和专用仪器设备，如分析天平、电子天平、筛分（震动）仪、水位仪、流速仪、波高仪、光电测沙仪、颗粒分析仪、地形测量仪、流场摄像处理系统、潮汐发生系统、浑水动床试验与监测系统、港池不规则造波系统、数据采集处理系统、数据图像编辑处理系统、遥感图像处理系统、现场测波仪和现场多功能定点观测系统等。购置了挪威产三维ADV流速仪、日本二维电磁流速仪和二维激光流速仪。
　　实验室建造了长175m可以同时产生风、浪和潮流的长水槽、长40m的变坡水槽、长60m的宽水槽和长30m的流速仪率定水槽。
　　台风浪和风暴潮对港口航道影响研究专项1000万元仪器设备的引进和研制正在进行之中。实验室将拥有一批最新的仪器设备和软件。实验室还有仪器组，可根据研究工作的需要，研制专用仪器。
　　实验室每年有较充足的经费支持本实验室的建设与运行管理。经费包括研究费和设备费。
　　三、注重人才培养，形成高水平学术队伍
　　实验室有河口动力学和河口泥沙工程、港口海岸工程、海岸动力学及近海工程、河流动力学和航道治理和枢纽工程泥沙和量测技术等五个学术梯队。每个学术梯队均有5～8人组成，其中既有在我们国家港口航道工程研究领域方面的知名专家，又有中青年技术骨干和年轻的科研人员，科研能力强，年龄和知识结构合理，有利于学科建设和科研队伍的发展。
　　实验室一直把研究队伍的建设和人材培养作为首要工作来抓。按照“公平、公正、竞争、流动”的原则，对核心科研骨干实行考核进入制，五年进行综合评估考核，稳住高水平的研究队伍；对中青年科技人员实行项目进入制，进行年度或项目执行期考核，滚动管理，促进中青年科技人员脱颖而出。
　　制定相关政策，鼓励青年科研人员进行业务培训。要求中级专业人员进行进修与培训的时间一年不得少于40学时，并纳入职工年终考核。对在职科研人员攻读硕士、博士学位的给予政策上的倾斜，鼓励他们在安排好科研任务的同时，结合本专业进一步提升自己的专业水平。五年来，共培养硕士40人、博士29人、博士后2人。
　　实验室创造机会和条件，让尽可能多的青年科研骨干承担国家和部省级等重大研究课题。在承接科研任务时，安排老专家做项目顾问，为青年科研人员把关。现在有80%的国家和部省级项目负责人是45岁以下科技骨干担任。
　　五年来，实验室培养交通部新世纪十百千人才工程第一层次1人，江苏省333人才工程第二层次1人、第三层次2人，独立培养博士6人，联合培养博士25人，独立培养硕士20人，联合培养硕士。45岁以下承担国家和省部级以上项目负责人20人。目前实验室45岁以下承担省部级以上项目负责人和在培博士均比实验室认定时增加10人。
　　四、重视学术交流，加大合作研究力度
　　实验室积极开展学术交流活动，定期安排实验室内资深的专家及中青年技术骨干做专题技术讲座，活跃了试验室的学术气氛，为年轻科技人员提供了学习的机会。试验室还不定期邀请国内外高等院校与科研院所的知名专家来实验室讲学，了解本领域的发展动态，跟踪世界先进水平。
　　实验室五年来，邀请了美国、加拿大、英国、荷兰、丹麦、新加坡、韩国、日本等国的学者共17人次来实验室讲学；邀请国内清华大学、中山大学、河海大学等专家学者7人到实验室讲学；邀请实验室老、中、青科研人员9人进行专题讲学；实验室有7人次应邀到美国、韩国、台湾、香港等地讲学；有8人次应邀到国内其它院校和科研单位讲学。2名科技骨干和2名青年科研人员到荷兰DELFT合作研究和学习。9人次到国外和境外参加国际学术会议，49人次参加了在国内召开的国际学术会议。
　　实验室主办2001年和2004年亚太地区海洋工程会议，主办2000年中韩港口和海岸工程学术会议，承办2001年全国泥沙学术讨论会，主办2001年第十届海岸工程学术讨论会和2003年第十一届中国海岸工程学术讨论会暨2003年海峡两岸港口及海岸开发研讨会。2005年举办东盟国家内河航道整治技术培训班和水科学国际夏令营。2005年第十二届中国海岸工程学术讨论会。目前正在积极筹办2007年第四届亚太地区海岸工程学术会议。
　　实验室采用固定研究人员与流动研究人员相结合，实行“开放、交流、合作、竞争”的运行机制，设立了开放流动基金和人才加盟奖，积极吸引国内外有成就的科技人员和出国留学人员、进修人员进入实验室工作，加强了与高等学校和研究院所的交流与协作。2003年从美国引进博士1人，有2人从荷兰学成回来，还有来自清华大学、浙江大学和河海大学等院校和研究院所的科研人员在实验室进行研究工作。
　　近年来，实验室从课题的申报开始，多方位的与大专院校和科研单位进行合作，优势互补，拓展了研究领域。合作进行的国家高技术研究发展计划（863计划）“太湖梅梁湖水源地水质改善技术”、国家重大基础研究973计划“长江流域水沙产输及其环境变化耦合机理”、国家自然科学基金重点项目“长江流域调水工程等对河口环境的影响及对策”以及交通部西部建设科技项目和重大工程项目的研究均聘请了客座研究人员，2000～2005年客座研究人员达16人，使实验室的开放程度有了较大提高。
　　五、健全管理体系，保证科研成果质量
　　实验室具有较为完善的科研管理体系，重点实验室设主任1名，实行聘任制，由依托单位南京水利科学研究院聘任。实验室主任负责重点实验室的日常工作，实验室所设办公室进行实验室的日常管理工作。实验室设有河流、河口、海岸、波浪、仪器和枢纽6个专业研究组，从事与水运工程相关的研究工作。
　　实验室成立了以学识渊博、经验丰富的老一辈国内外知名专家学者和年富力强的中青年技术骨干在内的学术委员会。确定了实验室学术委员会的职责。实验室除每年定期召开学术委员会会议2次外，还不定期召开学术委员会，商讨实验室的发展规划和研究方向，评审研究课题与研究成果，商议实验室经费安排、设备更新计划和重大学术活动。
　　质量是实验室的生命线。实验室十分重视科研成果质量，制定了较健全的规章制度和一套较完整的质量管理体系2000年通过ISO-9000质量体系认证，2003年顺利通过了质量管理文件的转版工作，使整个科研工作的管理进一步规范化、标准化。
　　主要的规章制度有质量管理手册；研究课题管理办法；科学基金管理办法；技术合同管理办法；科学技术研究成果管理办法；科技档案管理办法；职工年度考核办法；学术委员会工作条例；专业职务评聘办法；科技人员岗位职责；实验大厅管理办法；模型试验规程和规范等。
　　实验室对每一个课题从项目申报、项目合同评审、项目策划、项目研究过程控制、项目成果评审、项目文件和资料控制、档案管理、项目分包评定等严格按照质量管理控制体系要求进行。每项科研成果必须经过同专业的学术委员评审和专业组的学术讨论后方可提交行政领导及院科研管理部门，正式发表。保证了科研成果的质量，为港口航道工程建设提供了可靠的基础数据。
　　实验室将充分利用交通部重点实验室突出的科研能力、先进的实验设备和良好的工作环境，注重多学科之间的交叉，以对交通发展具有战略性、基础性、关键性的重大技术为切入点，突破牵动性技术，攻克关键性技术，着力应用基础性技术，储备前瞻性技术。一方面致力于解决港口航道建设中的工程技术问题，为工程规划与设计标准提供科学依据与基础数据；另一方面瞄准国际学科发展前沿和我国水运工程建设的未来需求，探索港口航道、海岸工程领域新的科学理论，进一步提高我国在解决相关领域的重大科技攻关能力。形成一支高水平的科研队伍，承担一批国家和省部级重大科研项目，使实验室综合科研实力在国内乃至国际上占有重要地位，为提升公路水路交通的总体科技水平，为实现全面建设小康社会公路水路交通发展目标，提供强有力的科技支撑。